펠리페 4세(Philip IV of Spain, 1605-1665)와 그의 둘째 왕비 마리아나(Mariana of Austria, 1634–1696) 사이에서 태어난 첫 딸이었다.

마르가리타는 자신의 숙부이자 신성로마 제국의 다음 황제가 될 레오폴트 1세 (Leopold I, 1640–1705)의 유력한 신붓감이었으며, 이 결혼은 실제로 1666년에 성사된다. 합스부르크 왕가에서는 일찍부터 마르가리타의 외모와 성장과정에 관심이 많았으며, 그녀의 모습을 관찰할 수 있는 초상화를 스페인 왕궁에 자주 요청하곤 했다.

이에 부응하기 위하여 마르가리타의 초상화는 그녀가 약 3세였던 1654년부터 특별히 빈번하게 그려졌는데 특히 화가로 펠리페 4 세와 친분이 있던 벨라스케스는 마르가리타 공주를 매우 귀여워했으며 ‘마르가리타 공주’는 여러 버전으로 그릴 만큼 매우 특별한 소재였다.